食品安全性也是轉(zhuǎn)基因植物安全性評價的一個重要方面。經(jīng)合組織1993年提出了食品安全性評價的實質(zhì)等同性原則。如果轉(zhuǎn)基因植物生產(chǎn)的產(chǎn)品與傳統(tǒng)產(chǎn)品具有實質(zhì)等同性，則可以認(rèn)為是安全的。如轉(zhuǎn)病毒外殼蛋白基因的抗病毒植物及其產(chǎn)品與田間感染病毒的植物生產(chǎn)的產(chǎn)品都帶有外殼蛋白，這類產(chǎn)品應(yīng)該認(rèn)為是安全的。若轉(zhuǎn)基因植物生產(chǎn)的產(chǎn)品與傳統(tǒng)產(chǎn)品不存在實質(zhì)等同性，則應(yīng)進(jìn)行嚴(yán)格的安全性評價。在進(jìn)行實質(zhì)等同性評價時，一般需要考慮以下一些主要方面。

有毒物質(zhì)。必須確保轉(zhuǎn)入外源基因或基因產(chǎn)物對人畜無毒。如轉(zhuǎn)Bt殺蟲基因玉米除含有Bt殺蟲蛋白外，與傳統(tǒng)玉米在營養(yǎng)物質(zhì)含量等方面具有實質(zhì)等同性。要評價它作為飼料或食品的安全性，則應(yīng)集中研究Bt蛋白對人畜的安全性。目前已有大量的實驗數(shù)據(jù)證明Bt蛋白只對少數(shù)目標(biāo)昆蟲有毒，對人畜絕對安全。

過敏源。在自然條件下存在著許多過敏源。在基因工程中如果將控制過敏源形成的基因轉(zhuǎn)入新的植物中，則會對過敏人群造成不利的影響。所以，轉(zhuǎn)入過敏源基因的植物不能批準(zhǔn)商品化。如美國有人將巴西堅果中的2S清蛋白基因轉(zhuǎn)入大豆，雖然使大豆的含硫氨基酸增加，但也未獲批準(zhǔn)進(jìn)入商品化生產(chǎn)。另外還要考慮營養(yǎng)物質(zhì)和抗?fàn)I養(yǎng)因子的含量等。